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临时内阁通过之后，参议院又审议通过成立以下几个独立机构。国防军事委员会，委员长方剑雄，独立法庭，独立**官居正，廉政公署，主任章太炎。
一系列议案的通过，标志着正式完成新的权力分配，国家政务回归正轨。此一案通过数日后，代总统黎元洪正式签署命令，于3月5日至4月5日，举行新总统的大选。新总统的选举办法为，各省议会选举产生代表十名，会同在京之现有国会议员，组成选举委员会，选举产生新的大总统。总统任期为五年。
就在方剑雄为首的团体一帆风顺的时候，国会发生了两个意外。第一是在定都问题上，共和党主张迁都武汉一事，很意外的遭到了其他党派的集体反对，甚至共和党内部也发生了巨大的分歧，一些投向共和党的议员，在这个问题上意外的反对。而国民党的议员，也不知道是不是吃错了药，放弃了迁都南京的议案，转而单纯的反对迁都一事。该议案子在国会遭到了否决，民国首都继续留在北京不变。
第二个意外就是列强的反应，包括德国美国在内的所有列强，在迁都议案被提交之后，国会审议的过程中，各国的口径意外的一致，强烈反对迁都武汉。
有一种说法是，正是因为列强的反对，迁都议案才没有被通过。总而言之，这个事情对方剑雄对未来的一些事情的看法，产生了深远的印象。RS